실질 주주가 아닌 형식상 주주인 원고는 실질적으로 주식에 대한 권리를
행사한 바가 없으므로 간주취득세 등을 부과한 처분은 위법하다고 본 사건
(서울행정법원 2020구합77572)
실질 주주가 아닌 형식상 주주인 원고는 실질적으로 주식에 대한 권리를 행사한 바가 없으므로 간주취득세 등을 부과한 처분은 위법하다고 본 사건이 판결되었습니다.
서울행정법원 2020구합77572 사건입니다.

서 울 행 정 법 원
제 5 부
판 결
사 건 ****구합77572 취득세등부과처분취소
원 고
피 고 서울특별시장
변 론 종 결 **21. 8. 26.
판 결 선 고 **21. 9. 30.
주 문
1. &&가 ****. 7. 15. $$에게 한 취득세 65,073,690원, 지방교육세 13,014,730원의
각 부과처분을 취소한다.
2. 소송비용은 &&가 부담한다.
청 구 취 지
주문과 같다.
이 유
1. 처분의 경위
가. 주식회사 @@(이하 ‘@@’라 하고, 다른 법인도 주식회사 표기를 생략한다)는 주거용
건물 개발 및 공급업 등을 목적으로 **14. 11. 4. 설립된 법인이다.
나. @@는 **16. 11. 30. 서울 ## 소재 토지를 취득하고, 서울 마포구청장에게 주택건설
용 일반세율을 적용한 취득세 등 합계 180,742,800원을 신고·납부하였다.
다. 서울 마포구청장은, ‘@@가 위 부동산을 **17. 11. 30. 매각하여 지방세법 제13조
제3항에 따른 취득세 중과세율 추징요건이 성립되었다.’고 판단하여, **18. 7. 10. @@에
취득세 162,684,240원, 지방교육세 32,536,840원 합계 195,221,080원을 부과·고지하였
다.
라. $$는 @@의 대표이사 ◆의 친누나인데, 위 회사 발행주식 30만 주 중 40%인 12
만 주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)가 주주명부상 $$ 명의로 등재되어 있다.
마. 서울 마포구청장으로부터 @@의 체납세액 부과·징수권한을 위임받은 &&는 @@가
취득세 등 합계 238,267,150원(= 취득세 162,684,240원 + 지방교육세 32,536,840원 +
가산금 43,046,070원)을 체납하자 @@의 과점주주인 $$를 지방세기본법 제46조 제2호
에 따른 제2차 납세의무자로 지정하면서 ****. 7. 15. $$에게 취득세 등 합계
95,306,840원(= 취득세 65,073,690원 + 지방교육세 13,014,730원 + 가산금 17,218,4**
원)을 납부할 것을 통지하였다(취득세 65,073,690원, 지방교육세 13,014,730원 등 지방
세 합계 78,088,4**원 부분을 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 ~ 5호증, 을 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. $$의 주장
$$는 ◆에게 명의를 빌려준 형식상 주주일 뿐이다. 이 사건 주식의 실질주주는 ◆로
서, $$는 @@의 사내이사로 취임한 후 곧바로 사임하여 실질적으로 이 사건 주식에 관
한 권리를 행사한 바가 없으므로, $$가 이 사건 주식의 실질주주임을 전제로 한 피
고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
나. 판단
1) 지방세법 제7조 제5항은 ‘법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 지방세기본법
제46조 제2호에 따른 과점주주가 되었을 때에는 그 과점주주가 해당 법인의 부동산 등
을 취득한 것으로 본다. 이 경우 과점주주의 연대납세의무에 관하여는 지방세기본법
제44조를 준용한다.’고 규정하고 있다. 여기에서 과점주주란 주주 1명과 그의 특수관계
인 중 대통령령으로 정하는 자의 소유주식의 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 100
분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자를 말한다. 과점주주
는 해당 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리·운용할 수 있는 지위에 있게 되어
실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 다르지 않다고 보아 위와 같은 조항을 둔
것이다.
그러나 이미 해당 법인이 취득세를 부담하였는데 과점주주에 대하여 다시 동일한
과세물건을 대상으로 간주취득세를 부과하는 것은 이중과세에 해당할 수 있기 때문에,
모든 과점주주에게 간주취득세를 부과해서는 안 되고 의결권 등을 통하여 주주권을
실질적으로 행사하여 법인의 운영을 사실상 지배할 수 있는 과점주주에게만 간주취득세를
부과하는 것으로 위 조항을 제한적으로 해석하여야 한다. 따라서 주주명부에 과점주주에
해당하는 주식을 취득한 것으로 기재되었다고 하더라도 주식에 관한 권리를 실질적으로
행사하여 법인의 운영을 지배할 수 없었던 경우에는 간주취득세를 낼 의무를 지지 않는다고 보아야 한다
(대법원 **19. 3. 28. 선고 **15두3591 판결 참조).
2) 앞서 든 증거들과 갑 제7 ~ 15호증, 을 제4 ~ 16호증(가지번호 있는 것은 각 가
지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사정에
비추어 보면, $$는 이 사건 주식에 관하여 주주권을 실질적으로 행사할 수 있는 지
위에 있는 과점주주에 해당한다고 볼 수 없고, 위 주식의 실질주주는 ◆로 보는 것이
타당하므로, 이를 지적하는 $$의 주장은 이유 있다.
가) @@는 **16. 4. 18. 유상증자하기로 결의하여 같은 날 이 사건 주식을 포함하는 총
29만 7,000주의 신주를 발행하였는데, 그 당시 주식 인수대금 합계 2억 9,700만 원(=
1주당 1,000원 × 29만 7,000주)은 @@의 대표이사 ◆가 대부업체로부터 직접 조달하여
전부 부담한 것으로 보인다. 달리 $$가 이 사건 주식의 인수대금을 직접 부담하였다
거나 실질주주로서 배당금을 수령하였다고 인정할 만한 객관적인 자료는 찾을 수 없다.
나) ◆의 비체건설 및 @@ 운영과 관련된 사기 등 형사사건의 제1심판결(서울남부지방
법원 **18고합***)에서, ‘◆는 위 두 회사의 업무 전반을 총괄한 실제 경영주로서, ⓙ로
부터 대출을 받는 과정에서 $$ 명의의 예금계좌를 이용하였고 $$는 명의상 차주에
불과하였으며, ⓙ는 266억 원 상당을 ◆ 본인, ◆가 운영하는 법인, ◆의 지인에게 돌려막
기 방식으로 추가 대출을 해 준 사실’이 인정되었다.
위와 같은 사실관계의 인정은, 항소심인 서울고등법원 **19노**** 판결에서 &&인◆
의 양형부당 주장이 받아들여져 일부 감형된 것 외에는 대법원 ****도**** 상고기각
결정에 이르기까지 그대로 확정된 것이다. 이처럼 동일한 사실관계에 관하여 이미 확
정된 형사판결이 유죄로 인정한 사실은 행정재판에서 유력한 증거자료가 되고,
이 사건에서 위와 달리 판단할 특별한 사정을 찾을 수 없다.
다) ◆는 실제로 @@의 운영 계좌를 비롯하여 ◆ 명의의 개인계좌, $$ 등의 차명계좌
등을 직접 운용·관리하며 위 회사의 경영을 사실상 지배한 것으로 보인다. 반면에, 원
고는 위 형사사건의 제1심판결에서 ◆가 실제 운영하는 분양회사인 H의 명의상 대표이
사로 인정된 것 외에는 달리 @@의 운영에 실질적으로 관여하였다는 판시는 찾을 수 없다.
라) &&는 $$가 **15. 10. ~ **17. 10. @@로부터 일정한 급여를 송금받았으므로,
실질주주에 해당한다고 주장하나, 아래와 같은 이유에 비추어, 위 주장은 받아들이기
어렵다. 즉, ① 위 기간에 $$가 I 계좌를 통하여 @@로부터 송금받은 돈은 10만 원 ~
400만 원 정도로서, 급여로 평가하기에는 그 송금 일시가 상당히 불규칙하고 송금액도
일정치 않으며 근로소득 원천징수내역과도 일치하지 않는 등 실제 근로 제공을 전제한
실질적인 급여라고 단정하기 어렵다. ② 더구나 $$의 위 I 계좌는 위 형사사건에서
◆가 $$의 명의를 빌려 개설ㆍ사용한 계좌로 인정된 바 있다. ③ @@로부터 $$와 그
가족 앞으로 이체된 금액이 합계 2억 원을 넘지만, $$와 그 가족 명의로 ◆ 명의의
계좌로 다시 입금된 금액이 위 2억 원을 훨씬 초과하는바, 위와 같은 금원 거래는 ◆가
주도하여 자금을 관리ㆍ운용하면서 형성된 정황으로 볼 여지가 충분하다.
마) 그 밖에, ① $$가 @@의 주주명부상 이 사건 주식의 주주로 등재되었고, 주식청
약서, 주식인수증, 이사회결의서 등 그 부속서류에 $$ 명의의 막도장이 날인된 점,
② **16. 4. 18. @@의 사내이사로 취임하였다가 2개월 후인 **16. 6. **. 사임한 점, ③
**15. 8. ~ **18. 1. @@ 소속 건강보험 및 국민연금 직장가입자로 자격을 유지하였고
$$에 대한 근로소득세 원천징수 납부가 이루어진 점, ④ **16년경 $$ 명의의 여러
부동산에 관하여 공동담보로 ⓙ 등 명의의 각 근저당권설정등기를 마쳤다가 1년 전후
기간 내에 각 말소한 점 등 &&가 주장하는 여러 사정들만으로, $$가 이 사건 주식
에 관한 권리를 실질적으로 행사하여 @@의 운영을 지배할 수 있는 지위에 있었다고 인
정하기에 부족하다. 달리 $$가 @@의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리ㆍ운용할 수
있는 지위에 있었다거나 이 사건 주식에 관하여 의결권 행사 등을 통하여 주주권을 실
질적으로 행사할 수 있는 지위에 있었다고 볼 객관적인 사정을 찾아보기 어렵다.
3) 따라서 $$가 간주취득세 등을 부담하는 @@의 과점주주라고 할 수 없는바, $$
가 이러한 과점주주임을 전제로 한 &&의 이 사건 처분은 위법하므로, 취소되어야 한다.
3. 결론
그렇다면 $$의 청구는 이유 있으므로, 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
실질 주주가 아닌 형식상 주주인 원고는 실질적으로 주식에 대한 권리를 행사한 바가 없으므로 간주취득세 등을 부과한 처분은 위법하다고 본 사건이 판결되었습니다.
서울행정법원 2020구합77572 사건이었습니다.
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