조세에 관하여 과세예고 통지를 누락한 과세처분은
위법하다고 판단된 사건
(서울행정법원 2020 구합 84679)
조세에 관하여 과세예고 통지를 누락한 과세처분은 위법하다고 판단된 사건이 판결되었습니다.
서울행정법원 2020 구합 84679 사건입니다.
서 울 행 정 법 원
제 6 부
판 결
사 건 ****구합84679 취득세등부과처분취소
원 고
피 고 서울특별시 강남구청장
변 론 종 결 **21. 7. 23.
판 결 선 고 **21. 10. 1.
주 문
1. B가 **19. 11. 11. A에 대하여 한 취득세 1,907,790,940원(가산세 포함), 지방
교육세 356,434,180원(가산세 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.
2. 소송비용은 B가 부담한다.
청 구 취 지
주문과 같다.
이 유
1. 처분의 경위
가. A는 **14. 12. 16. 투자상담 및 컨설팅 등을 목적으로 설립된 회사로서 **15.
11. 23. 서울 @@ 토지 및 지상 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 취득한 후 구 지
방세특례제한법(**16. 12. 27. 법률 제14477호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제58조
의3 제1항(창업중소기업 등에 대한 감면) 본문의 감면규정을 적용해 취득세, 농어촌특
별세, 지방교육세(이하 위 각 세목을 합쳐 ‘취득세 등’이라 한다) 합계 361,157,500원을
신고·납부하였다.
나. B는 **16. 12.경 A에 대한 세무조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실
시하였고, 그 결과 ‘A가 이 사건 부동산을 취득일부터 2년 이내에 정당한 사유 없이
해당 사업에 직접 사용하지 않고 임대용으로 사용하였다’고 보아 **17. 1. 10. 구 지방
세특례제한법 제58조의3 제1항 단서에 따라 A가 당초 감면받은 세액(표준세율을 적
용하여 계산)에 과소신고가산세 및 납부불성실가산세를 가산한 취득세 등 합계
1,282,675,970원과 가산금 합계 38,480,260원을 부과하였다(이하 ‘**17. 1. 10.자 부과
처분’이라 한다).
다. 그런데 B는 이후 내부 과세자료 정비 과정에서 대도시에 소재한 이 사건 부
동산에 관하여 구 지방세법(**16. 12. 27. 법률 제14475호로 개정되기 전의 것, 이하
같다) 제13조 제2항 제1호에 따른 중과세율을 적용하지 않고 표준세율을 적용한 **17.
1. 10.자 부과처분이 정당한지 의문을 가지게 되었고, **19. 10. 28. 서울특별시장(세제
과장)에게 ‘대도시 내에 설립된 법인이 취득한 부동산과 관련하여 지방세특례제한법 부
칙<법률 제12955호, **14. 12. 31.> 제13조(이하 ’이 사건 부칙‘이라 한다) 및 구 지방
세특례제한법 제58조의3 제1항 본문의 규정을 적용받아 표준세율로 계산한 취득세의
100분의 75에 상당하는 세액을 감면받은 후, 같은 조 제1항 단서의 추징사유에 해당하
여 감면받은 취득세를 추징하여야 할 경우 구 지방세법 제13조 제2항 제1호의 중과세
율을 적용할 수 있는지 여부’에 관한 질의를 하였다.
라. 이에 서울특별시장(세제과장)은 **19. 11. **. A에게 ‘이 사건 부칙에서 중과
세율 적용을 **16. 1. 1.까지 유예한다는 규정은 관련 취득세 감면규정이 조세특례제한
법에서 지방세특례제한법으로 이관되면서 감면율이 100% 면제에서 75% 감면으로 축
소되어 25%만을 납부하게 되었을 때 납부하는 취득세 25%에 대하여 구 지방세법 제
13조 제2항 제1호의 중과세율을 적용하지 않는다는 취지의 규정이지, 감면 후 추징사
유가 발생하였을 때까지 중과세율 적용을 배제하는 규정이 아니다’라는 이유로 중과세
율을 적용해 추징하는 것이 타당하다는 회신(이하 ‘이 사건 회신’이라 한다)을 하였다.
마. B는 이 사건 회신을 기초로 **19. 11. 11. 다시 A에 대하여, 구 지방세법
제13조 제2항 제1호의 중과세율을 적용하여 계산한 취득세 등 세액에서 **17. 1. 10.자
추징세액을 차감하고 남은 취득세 1,907,790,940원(과소신고가산세 및 납부불성실가산세
포함), 지방교육세 356,434,180원(납부불성실가산세 포함)을 부과하였다(이하 ‘이 사건
부과처분’이라 한다).
바. A는 이 사건 부과처분에 불복하여 ****. 2. 4. 조세심판원에 심판청구를 하였
으나, ****. 8. 24. 기각 결정을 받았다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론
전체의 취지
2. 처분의 적법 여부
가. A의 주장
1) 절차상 하자
가) 이 사건 부과처분은 종전 이 사건 세무조사의 연장선상에서 이루어진 것으로
서, B는 이 사건 부과처분에 앞서 A에게 구 지방세기본법(**19. 12. 31. 법률 제
16854호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제85조에 따라 세무조사결과 통지를 하였어
야 한다. 그럼에도 아무런 통지 없이 한 이 사건 부과처분은 구 지방세기본법 제88조
제1항 제1호에 따라 A에게 부여된 과세전적부심사권을 형해화하는 것으로서 위법하
다.
나) 설령 그렇지 않더라도, B는 이 사건 부과처분 전에 상급기관인 서울특별시
장(주무: 세제과장)에게 중과세율 적용 여부에 관한 질의를 한 후 그 회신(지도)에 따
라 이 사건 부과처분을 하였는바, 이는 구 지방세기본법 시행령(**19. 12. 31. 대통령
령 제30317호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제58조 제3항 제항 제1호의 ‘지방세 업
무에 대한 지도·점검 결과 등에 따라 과세가 이루어진 사안’에 해당하므로, B는 위
규정에 따라 이 사건 부과처분에 앞서 A에게 과세예고 통지를 하였어야 한다.
다) 그럼에도 아무런 세무조사결과 통지 또는 과세예고 통지 없이 곧바로 이루어
진 이 사건 부과처분은 절차상 하자가 중대하여 당연무효이다(무효를 선언하는 의미의
취소판결을 구한다).
2) 실체상 하자
가) 이 사건 부칙의 해석상 납세의무자가 취득일 현재 구 지방세특례제한법 제58
조의3 제1항 본문의 감면요건을 만족하여 취득세를 감면받았다면, 추후 같은 항 단서
의 추징요건에 해당하게 되더라도 구 지방세법 제13조 제2항 제1호의 중과세율을 적
용하여 추징할 수 없고 표준세율만을 적용하여 추징할 수 있다고 보아야 한다. 그럼에
도 이와 달리 중과세율을 적용해 취득세 등을 추징한 이 사건 부과처분은 위법하다.
나) 설령 본세에 아무런 문제가 없다고 하더라도, A는 B의 세무조사 결과에
따라 **17. 1. 10.자 부과처분을 통해 고지된 세액을 믿을 수밖에 없었으므로, A에
게 그 세액보다 더 많은 액수의 취득세 등을 스스로 계산하여 납부할 것을 기대하기는
어렵다. B도 위와 같이 취득세 등을 추징한 때로부터 무려 3년이나 지난 시점에, 중
과세율 적용 여부에 관하여 상급기관의 회신을 받고 나서야 이 사건 토지가 중과 대상
임을 알게 되어 이 사건 부과처분에 이르렀다는 것인바, 이는 ‘세법상의 의의로 인한
견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아
니었다고 할 수 있는 경우’에 해당한다. 따라서 A가 중과세율을 적용하여 취득세 등
을 신고·납부하지 못한 데에는 정당한 사유가 인정된다.
나. 판단
먼저 B가 이 사건 부과처분에 앞서 A에게 세무조사결과 통지나 과세예고 통지
를 하지 않은 것이 위법하다는 주장에 관하여 본다.
1) 세무조사결과 통지 대상인지 여부
가) 관련 규정
구 지방세기본법 제85조는 ‘세무공무원은 세무조사를 마치면 세무조사의 내용, 결
정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거 등이 포함된 조사결과를 빠른 시일 내에
서면으로 납세자에게 알려야 한다’고 규정하고 있다. 여기서 말하는 세무조사란 ‘지방
세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또
는 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 활동’을 말한다(구 지방세기본법
제153조, 국세기본법 제2조 제21호).
나) 구체적 판단
그런데 위에서 인정한 바와 같이, B는 이 사건 세무조사를 종료한 뒤 **17. 1.
10. 과세처분을 완료하였고, 이후 이 사건 부과처분이 다시 이루어진 **19. 11.경까지
A에 대하여 새로이 질문을 하거나 장부·서류 그 밖의 물건에 대한 검사·조사 또는
그 제출을 명한 바가 전혀 없다. 즉 B는 단지 내부 과세자료를 점검하는 과정에서
**17. 1. 10.자 부과처분이 적절하지 않았다고 보아 별도의 조사 절차 없이 법률적 검
토만으로 다시 이 사건 부과처분에 이른 것이고, 달리 B가 추가로 A에 대한 세
무조사를 하였다고 볼 만한 사정도 없으므로, 이 사건 부과처분에 앞서 다시 A에게
구 지방세기본법 제85조에 기한 세무조사결과 통지를 새로 하였어야 한다고 볼 만한
근거는 없다. 이는 이 사건 부과처분이 이미 종료된 이 사건 세무조사의 연장선에서
이를 경정하며 행해진 것이라고 하더라도 달리 볼 수 없으므로, A의 이 부분 주장
은 이유 없다.
2) 과세예고 통지 대상인지 여부
가) 관련 법리 등
(1) 이 사건 부과처분 당시 시행되던 구 지방세기본법 제88조 제1항 제2호에 의
하면, 대통령령이 정한 과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통
지를 한 지방자치단체장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사인 과세전적부심사를 청
구할 수 있는데, 구 지방세기본법 시행령 제58조 제3항은 위 “대통령령으로 정하는 과
세예고통지”에 관하여 ‘지방세 업무에 대한 감사나 지도·점검 결과 등에 따라 하는 과
세예고통지’(제1호), ‘세무조사에서 확인된 납세자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확
인조사에 따라 하는 과세예고 통지’(제2호) 중 어느 하나에 해당하는 것을 말한다고 규
정하면서, 다만 제1호와 관련하여 ‘지방세기본법 제150조, 감사원법 제33조, 지방자치
법 제169조, 제171조에 따른 시정요구에 따라 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에
과세처분 대상자가 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다’고 규정하고 있
었다.
이 사건 부과처분 후인 **19. 12. 31. 지방세기본법이 법률 제16854호로 개정되
었는바, 위 개정 법률은 구 지방세기본법 시행령 제58조 제3항으로 규정하였던 과세예
고 통지를 법률 제88조 제1항으로 규정하면서, 과세예고 통지가 지방자치단체장의 의
무임을 명시함과 동시에 당초 구 지방세기본법 시행령 제53조 제3항 제1, 2호의 사유
외에도 ‘납세고지하려는 세액이 30만 원 이상인 경우’(제3호)를 추가하여 과세예고 통
지를 거쳐야 하는 과세처분의 범위를 크게 확장하였다.
(2) 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국
한되지 아니하고 모든 국가작용 전반에 대하여 적용되며, 세무공무원이 과세권을 행사
하는 경우에도 이러한 적법절차의 원칙은 마찬가지로 준수되어야 한다(대법원 **14. 6.
26. 선고 **12두911 판결 참조). 한편 과세예고 통지는 과세관청이 조사한 사실 등의
정보를 미리 납세자에게 알려줌으로써 납세자가 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세
전적부심사와 같은 의견청취절차에서 의견을 진술할 기회를 갖고 자신의 권익을 보호
할 수 있도록 하기 위한 것으로서, 처분의 사전통지로서의 성질을 가진다. 또한 과세처
분 이후에 행하여지는 심사·심판청구나 행정소송의 경우 시간과 비용이 많이 소요되어
효율적인 구제수단으로서는 미흡한 점이 있는 데 비하여, 과세전적부심사 제도는 사전
에 과세관청이 위법·부당한 처분을 행할 가능성을 줄임으로써 예방적 구제제도로서 그
의의를 가질 뿐 아니라, 과세예고 통지를 받은 자가 청구할 수 있는 과세전적부심사의
경우 위법한 처분은 물론 부당한 처분까지도 심사대상으로 삼고 있어 그 권리구제의
폭도 넓다.
그렇다면, 이러한 사전구제절차로서 과세예고 통지와 과세전적부심사 제도가 가지는
기능과 작동 범위, 제도 도입의 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를
방지하여야 할 필요성 등을 종합적으로 고려하여 보면, 국세기본법 및 같은 법 시행령,
지방세기본법 및 같은 법 시행령에서 아예 과세예고 통지의 대상으로 삼고 있지 않다
거나, 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하
고 있는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여
야 할 과세예고 통지를 하지 아니함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여
하지 아니한 채 과세처분을 하였다면 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서
과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재
하는 경우에 해당하고, 그 과세처분은 위법하다고 볼 수밖에 없다(국세에 관한 대법원
**16. 4. 15. 선고 **15두52326 판결 등 참조).
나) 구체적 판단
(1) 따라서 이 사건 부과처분이 구 지방세기본법 제88조 제1항 제2호 및 같은 법
시행령 제58조 제3항 제1호에서 정한 과세예고 통지의 대상에 해당하는지 여부에 관
하여 본다(같은 시행령 제58조 제3항 제2호에서 정한 과세예고 통지 사유에 해당하지
않음은 문언상 명확하다).
(2) 구 지방세기본법 시행령 제58조 제3항 제1호 본문의 ‘지방세 업무에 대한 감
사나 지도·점검 결과 등에 따라 하는 과세예고 통지’의 ‘감사나 지도·점검 결과 등에
따라 한다’는 것의 일반적 의미는, 상급기관이 주체가 되어 그 지시·감독을 받는 소속
기관에 대하여 감사나 지도·점검 등을 실시한 후 그 결과에 따라 해당 소속기관에게
어떠한 과세처분의 시정을 명하는 경우를 의미한다고 봄이 타당하다. 이에 이 사건의
B와 같이 기존에 한 과세처분의 당부에 관하여 사후에 내부적 검토를 하여 상급기
관에 대한 질의를 하고, 그 회신 결과에 따라 해당 과세처분을 시정하는 경우가 위 제
1호 본문에 포섭할 수 있는지 문제되는바,
① 위 규정의 문언이 ‘감사나 지도·점검 결과’만으로 한정하지 않고 ‘감사나 지도·점검 결과 등̇ ’
이라고 하여 감사나 지도·점검 결과와 사실상 동일하거나 유사한 절차를 거쳐
과세처분을 시정하게 되는 경우를 충분히 포함할 수 있도록 규정하고 있는 점,
② 달리 A가 이 사건 부과처분 전에 구 지방세기본법 시행령 제58조 제3항 제1호 단서에서
과세예고 통지의 예외사유로 규정한소명안내를 받았다고 볼 증거도 없는 점,
③ 과세예고 통지 규정의 적용 범위를 넓게 해석하는 것이 납세자의 절차적 권리를
두텁게 보장할 수 있으며, 특히 이러한 해석이이 사건 부과처분 직후인 **19. 12. 31.
지방세기본법이 법률 제16854호로 개정되면서과세예고 통지 근거 규정을 법률에
직접 신설하며 ‘납세고지하려는 세액이 30만 원 이상인 경우’를 과세예고 통지 사유로
추가한 취지에도 부합하는 점(납세자의 입장에서는‘상급기관이 주체가 된 감사나
지도·점검 등에 따라 과세처분이 이루어지는 경우’나 ‘소속기관 스스로 내부적
검토 과정에서 세법 적용상의 문제점을 발견한 후 해당 조항의해석방법에 관하여
상급기관에 질의한 결과에 따라 과세처분이 이루어지는 경우’나 그결과에 아무런
차이가 없을 뿐 아니라, 실제 내부에서 어떤 경위로 과세처분이 이루어졌는지
납세자로서는 알 수도 없는 것이므로, 납세자에게 과세전적부심사권을 보장하여야
할 필요의 측면에서도 양자 간 본질적인 차이가 존재한다고 볼 수 없다) 등에 비추어 보면,
이 사건 회신을 거쳐 한 이 사건 부과처분 역시 구 지방세기본법 시행령
제58조 제3항 제1호에 의한 과세예고 통지의 대상에 해당한다고 봄이 상당하다.
(3) 이에 대하여 B는, 그 경위에 비추어 이 사건 부과처분은 구 지방세기본법
제88조 제2항 제4호, 같은 법 시행령 제58조 제5항 제1호의 ‘법령과 관련하여 유권해
석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우’에 해당하여 과세전적부심사의 대
상이 될 수 없다고 주장한다. 그러나 다음과 같은 이유에서 위 주장을 받아들이기 어
렵다.
(가) 이 사건 회신은 그 내용 자체를 보더라도 법령과 관련하여 종래 존재하던
유권해석을 변경한 것이 아니다.
(나) 정부의 법제업무에 관하여 필요한 사항을 정하고 있는 법제업무 운영규정
제26조 제1, 3항 및 구 행정안전부와 그 소속기관 직제 시행규칙(****. 3. 24. 행정안
전부령 제175호로 개정되기 전의 것) 제12조에 따르면, 지방세 법령에 관한 법령해석
은 법제처와 지방세 관련 법령의 소관 중앙행정기관장인 행정안전부장관이 할 수 있는
것이고, B의 상급 지방자치단체장에 불과한 서울특별시장이 할 수 있는 것이 아니
다. 따라서 서울특별시장이 한 이 사건 회신이 구 지방세기본법 시행령 제58조 제5항
제1호에서 말하는 ‘법령과 관련한 새로운 유권해석’에 해당한다고 볼 수도 없다.
(다) 만일 B의 주장대로 이 사건 회신을 구 지방세기본법 시행령 제58조 제5
항 제1호의 유권해석으로 보아 과세전적부심사의 대상에서 제외한다면, 취득세의 경우
에는 그 부과·징수권자인 서울특별시장이 스스로 한 법령해석에 따르기만 하면 해당
과세처분에 대하여 과세전적부심사가 원천적으로 불가능하게 된다는 결과가 되어 부당
하다. 더구나 국세기본법 또는 관세법이 상급기관(국세의 경우 국세청장, 관세의 경우
관세청장)의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 해당 상급기관
에 과세전적부심사를 청구할 수 있도록 규정하고 있는 것(국세기본법 제81조의15 제2
항 단서 및 관세법 제118조 제2항 단서 참조)과 비교하면, B의 주장은 세법 전체의
체계적 해석에 어긋나고 과세 형평에도 현저히 반하는 결과를 초래하는 것으로서 받아
들일 수 없다.
(4) 따라서 B가 A에게 과세예고 통지를 하지 않은 채 곧바로 이 사건 부과
처분을 한 것은 위법하고, A의 이 부분 주장은 이유 있다.
3) 소결
그렇다면 A의 나머지 실체상 하자 주장에 관하여는 더 나아가 살필 필요 없이
이 사건 부과처분은 위법하다.
3. 결론
A의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
조세에 관하여 과세예고 통지를 누락한 과세처분은 위법하다고 판단된 사건이 판결되었습니다.
서울행정법원 2020 구합 84679 사건입니다.
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